El origen de Belen se encuentra en el nacimiento de la orden belemita inspirada por el Hermano Pedro de San jose de Betancourt desde su llegada a la capitanía general de reino de Guatemala, en 1650, Fundó y sostuvo en una escuela de primeras letras, a la que llamo Belén.
La obra continuó (en el are donde hoy está el instituto) cuando la ciudad se trasladó al VAlle de la Ermita a causa de los terremotos de 1773. Como consecuencia de una conspiración descubierta en diciembre de 1813, fue clausurado el Convento y la Orden lo cual permitió a la municipalidad fundar una escuela para niñas.

La profesora Ana Gilma de Rosales (+) en un documento donde narra la historia del Belén, cuenta que las actividades educativas laicas comenzaron durante el régimen del general Rafael Carrera, cuando la escuela municipal se transformó en un colegio para señoritas de la sociedad capitalina y centroamericana. Se contrató a un grupo de monjas belgas de la Orden de Nuestra Señora de Namuro, quienes prepararon a las señoritas en artes, idiomas, normas sociales. Aparte funcionaba una escuela para niñas de escasos recursos.

Los caudillos de la Revolución de 1871 terminaron con este proyecto el 20 de enero de 1875 con el decreto No. 133, el cual acordó la creación de un colegio superior, para lo cual se contrataron los servicios de maestras europeas. La primera directora fue Otta James, quien lo administró por un período breve. La maestra que le dio mayor impulso y organizó con carácter de Instituto fue Lina Stelin como directora y Matilde Belawer como subdirectora y profesora de idiomas (inglés, francés y alemán).